Karel byl synem hraběte Gilberta Borromea a Markéty Medicejské, sestry papeže Pia IV. Narodil se 2. října na rodinném hradě Arona u jezera Maggiore v Itálii. Ve dvanácti letech přijal kněžskou tonzuru a byl poslán na výchovu do benediktinského opatství svatých Gratiana a Felina v Aroně.
V roce 1559 byl jeho strýc zvolen papežem Piem IV. a následujícího roku jmenoval Karla svým státním sekretářem a jmenoval ho kardinálem a správcem milánského stolce. Působil jako Piův legát na mnoha diplomatických misích a v roce 1562 se zasloužil o to, že Pius znovu svolal Tridentský koncil, který byl v roce 1552 přerušen.
Karel hrál hlavní roli při vedení a tvorbě dekretů třetí a poslední skupiny zasedání. Po smrti hraběte Fridricha Borromea odmítl hlavu rodu Borromeů, v roce 1563 byl vysvěcen na kněze a téhož roku byl vysvěcen na biskupa v Miláně.
Než mu bylo dovoleno ujmout se úřadu, dohlížel na přípravu katechismu, misálu a breviáře, které požadoval Tridentský koncil. Když v roce 1556 konečně dorazil do Tridentu (který byl již osmdesát let bez stálého biskupa), zavedl navzdory velkému odporu radikální reformy, a to s takovou účinností, že se stal vzorovou stolicí. Zavedl opatření ke zlepšení morálky a mravů duchovních i laiků, zvýšil efektivitu diecézního provozu, zřídil semináře pro vzdělávání duchovních, založil Bratrstvo křesťanské nauky pro náboženskou výchovu dětí a podpořil jezuity ve své stolici.
Zvýšil pomoc chudým a potřebným, velmi štědře pomáhal anglické koleji v Douai a během svého biskupství uspořádal jedenáct diecézních synod a šest provinčních sněmů. V roce 1578 založil spolek světských kněží Obláti svatého Ambrože (nyní Obláti svatého Karla) a aktivně se věnoval kazatelské činnosti, bránil pronikání protestantismu a přiváděl zpět do církve odpadlé katolíky. Ve svém úsilí o reformu lidí a institucí narážel na odpor z mnoha stran.
Praktické lekce:
Lekce 1: Odvaha a vytrvalost ve službě druhým: Sv. Karel Borromejský se nebál provádět radikální reformy, i když čelil silnému odporu. Jeho život nás učí, že skutečná služba Bohu a lidem vyžaduje odvahu a vytrvalost, zejména když jde o změny k lepšímu v církvi i společnosti. I v těžkostech a nepochopení je třeba zůstat věrní svým hodnotám a poslání.
Lekce 2: Vzdělání, modlitba a péče o chudé: Sv. Karel kladl důraz na vzdělávání a duchovní formaci, zakládal semináře a podporoval charitu. Učí nás, že správné vedení a obnova společnosti začíná vzděláním, hlubokou modlitbou a konkrétní pomocí těm, kteří to nejvíce potřebují. Každý malý skutek lásky a pomoci má velkou hodnotu.